在建設工程施工合同糾紛案件中，工程款結算往往是爭議的核心焦點。其結算依據并非單一，而是由一系列法律文件、合同約定、事實行為及專業鑒定共同構成的復雜體系。本文結合相關法律規定及實務經驗，對建設工程施工合同案件中工程款結算的主要依據進行梳理與分析。

一、 合同約定是結算的首要依據
根據《民法典》合同編及《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋（一）》（法釋〔2020〕25號）的規定，當事人就同一建設工程訂立的數份施工合同均無效，但建設工程質量合格，一方當事人請求參照實際履行的合同關于工程價款的約定折價補償的，人民法院應予支持。這確立了“有約定從約定”的基本原則。具體而言，包括：

1. 施工合同本身：這是確定工程范圍、計價方式（如固定總價、固定單價、可調價格）、付款節點、變更簽證程序、索賠程序等最直接的依據。
2. 補充協議與會議紀要：在合同履行過程中，雙方就設計變更、工程量增減、材料價格調整、工期順延等達成的書面補充協議或會議紀要，是合同的重要組成部分，構成結算的直接依據。
3. 投標文件、中標通知書：當合同約定不明或存在矛盾時，招投標文件（尤其是投標報價書、已標價的工程量清單）和中標通知書的內容，可以作為確定合同價款及結算方式的參考。

二、 法律及司法解釋的強制性規定是結算的底線
當合同約定不明、無效或存在顯失公平的情形時，法律和司法解釋的規定成為結算的強制性依據。

1. 工程質量合格是折價補償的前提：無論合同是否有效，只要承包人施工的工程經竣工驗收合格，或者雖未竣工驗收但發包人擅自使用，承包人都有權請求參照合同約定支付工程價款（折價補償）。這是《民法典》第七百九十三條確立的核心原則。
2. 關于工程量與計價標準的確定：當事人對工程量有爭議的，按照施工過程中形成的簽證等書面文件確認。若未能提供簽證文件，但能證明發包人同意施工的，可以按照其他證據（如會議紀要、往來函件、施工記錄、監理日志等）確認的實際工程量結算。對于計價標準，有約定的從約定；約定不明的，可參照簽訂合同時當地建設行政主管部門發布的計價方法或者計價標準結算。
3. 關于工程價款利息：當事人對欠付工程價款利息計付標準有約定的，按照約定處理。沒有約定的，按照同期同類貸款利率或者同期貸款市場報價利率計息。利息從應付工程價款之日開始計付。

三、 履約過程中形成的書面文件是結算的關鍵證據
這些文件是合同履行的真實記錄，能有效固定工程變更、工程量增減、工期延誤、費用索賠等事實。

1. 工程簽證文件：涉及設計變更、工程量確認、費用索賠、工期順延等事項的現場簽證單，經發包人、監理、承包人等各方代表簽字確認后，是結算中最有力的證據之一。
2. 往來函件與聯系單：雙方就施工技術、材料確認、費用協商等事項的正式書面往來文件。
3. 施工圖紙與竣工圖紙：對比施工圖與竣工圖，可以直觀反映施工過程中發生的工程變更。
4. 材料設備認價單：對于合同約定價格可調或暫估價的材料設備，經發包人確認價格的書面文件。

四、 第三方專業意見是結算爭議的裁判輔助
當雙方對工程量、工程質量、修復方案及費用等專業問題無法達成一致時，司法鑒定意見成為人民法院裁判的重要依據。

1. 工程造價司法鑒定：對工程造價的爭議，當事人可以申請或由法院委托具有資質的工程造價咨詢機構進行鑒定。鑒定機構將依據合同、圖紙、簽證、市場價格信息等資料，出具鑒定意見書。該意見書需經法庭質證后才能作為定案依據。
2. 工程質量檢測與修復方案鑒定：對于是否存在質量缺陷、缺陷程度、修復可行性及修復費用等，可以委托具有相應資質的檢測或鑒定機構出具專業意見。

與律師建議（安徽郭磊律師）
建設工程施工合同案件的工程款結算，是一個融合法律、工程、財務等多專業知識的復雜問題。對于發包方與承包方面言，為有效防范結算糾紛、保障自身權益，應做到：

1. 合同訂立精細化：在合同中明確約定計價方式、變更簽證程序、索賠程序、結算審核期限及逾期后果等關鍵條款。
2. 履約過程證據化：高度重視履約過程中所有書面文件的制作、流轉與保管，確保每一份簽證、聯系單、會議紀要內容清晰、簽章齊全。
3. 結算程序規范化：嚴格按照合同約定的程序和期限報送結算資料、提出審核意見，并保留好全部送達憑證。
4. 爭議解決專業化：一旦發生結算爭議，應及時咨詢專業建設工程律師，梳理證據鏈條，評估訴訟風險，選擇談判、調解、訴訟或仲裁等最適宜的解決途徑，必要時借助司法鑒定厘清專業事實。

綜上，工程款結算的依據是一個多層次的體系。清晰有效的合同約定是基礎，全面規范的履約證據是關鍵，而專業的法律與鑒定支持則是解決復雜爭議的保障。